Arresto:
Fue detenido el 6 de diciembre de 2002 por agentes del Departamento de la Seguridad del Estado (DSE), acusado de desacato, por lo que fue encarcelado durante más de tres meses. El 20 de marzo de 2003, 13 días después de ser liberado, fue arrestado por segunda vez durante la represión de la Primavera Negra, que llevó a 75 disidentes a la cárcel, entre los que también se encontraban Raúl Rivero y Martha Beatriz Roque, y enviado a la prisión Kilo 8 de Camagüey.
En el momento de su detención, estaba participando en una huelga de hambre organizada por la Asamblea para Promover la Sociedad Civil, que tendría lugar en la casa de Martha Beatriz Roque Cabello. Esta huelga obedecía a la petición de liberación de varios compañeros. Fue acusado de desacato, desorden público y desobediencia civil, y condenado a 36 años de prisión después de varios procesos judiciales.Amnistía Internacional lo reconoció como un prisionero de conciencia.
Huelga de hambre y muerte:
Entre el 2 y el 3 de diciembre de 2009, Zapata comenzó una huelga de hambre como una protesta contra el gobierno cubano, por haberle sido negada la elección del uniforme blanco que visten los disidentes, así como para denunciar las condiciones de vida de otros prisioneros. Según el Directorio Democrático Cubano, las autoridades penitenciarias le negaron el agua durante 18 días, lo que le llevó a un deterioro de su salud e insuficiencia renal,aunque hubiera sido imposible que una persona sobreviviera ese tiempo sin ingerir líquidos.Zapata insistió en la huelga de hambre y fue ingresado en el Hospital de Camagüey, en una fecha no especificada, donde se le administraron líquidos por vía intravenosa contra su voluntad. El 16 de febrero de 2010 su estado empeoró, y fue trasladado al hospital "Hermanos Ameijeiras" de La Habana, donde falleció el 23 de febrero, aproximadamente a las 13:00, hora de Cuba.
Su entierro, llevado a cabo el 25 de febrero en la localidad de Banes, se desarrolló sin incidentes, ya que el municipio fue tomado por unos 1.000 agentes policiales, que controlaron todos los accesos, no permitiendo la entrada a la ciudad de opositores ni de curiosos.
